Da alcuni anni le politiche comunitarie di coesione sono state affiancate ed integrate da una politica regionale nazionale per le cosiddette aree sottoutilizzate che ha come fonte di finanziamento la Legge finanziaria e come principali strumenti le Intese Istituzionali di programma e i relativi Accordi di Programma Quadro (APQ).
La legge 662 del 1996 istituisce le Intese Istituzionali e gli Accordi di Programma Quadro. Con la stipula delle Intese Istituzionali di programma il Governo centrale e le Regioni hanno individuato settori di interesse comune, effettuato una ricognizione delle risorse disponibili, condiviso regole per la programmazione, gestione e attuazione degli investimenti pubblici. L'Accordo di Programma Quadro costituisce lo strumento attuativo dell'Intesa Istituzionale di Programma nei settori d'intervento previsti dalla medesima. In particolare, l'Accordo indica:

• le attività e gli interventi da realizzare, con i tempi e le modalità di attuazione, i soggetti responsabili ed i relativi impegni;
• le risorse finanziarie occorrenti, a valere sugli stanziamenti pubblici o reperite tramite finanziamenti privati;
• le procedure ed i soggetti responsabili per il monitoraggio e la verifica dei risultati.

Promotori degli APQ sono lo Stato, le Regione e gli Enti pubblici. Tali amministrazioni, talvolta affiancate dall'intervento di soggetti privati, si occupano anche dell'attuazione degli stessi. Gli interventi inseriti negli APQ sono finanziati con diverse risorse: ordinarie, comunitarie e private, aggiuntive nazionali per le aree sottoutilizzate. Il Fondo aree sottoutilizzate (FAS), infatti, costituisce, dal 2003, lo strumento generale di governo della nuova politica regionale nazionale per la realizzazione di interventi in aree particolari del Paese – individuate  sulla base dell'art. 27, comma 16 della Legge 488/99 - Legge finanziaria 2000 – che comprendono:

• le sei regioni Obiettivo 1 del ciclo di programmazione 2000 – 2006 (Basilicata, Campania, Calabria, Puglia, Sardegna, Sicilia);
• la regione Abruzzo;
• la regione Molise;
• le aree del Centro-Nord ricadenti nell'Obiettivo 2 e quelle in regime di sostegno transitorio;
• le zone beneficiarie di Aiuti di Stato ai sensi dell'art. 87.3 c.

Le risorse FAS sono stabilite ogni anno dalla Legge Finanziaria e assegnate dal CIPE al fine di perseguire l’obiettivo del riequilibrio economico e sociale tra le diverse aree del Paese.